根据《中共肇庆市委肇庆市人民政府（关于印发肇庆市人民政府机构改革方案）的通知》（肇发[ 2009124号），设立肇庆市交通运输局，为市人民政府工作部门。

一、职责调整
（一）将原市交通局的职责、原市市政管理局指导城市公共客运的职责，以及地方铁路建设职责（含轻轨铁路）划入市交通运输局。
（二）取消公路养路费、航道养护费、公路运输管理费、公路客运附加费、水路运输管理费等五项交通规费的征收管理职责。
（三）取消和调整已由上级人民政府及市人民政府公布取消和调整的行政审批事项。
（四）将交通行业技术标准、等级评定、牌证发放、公信证明、业务咨询、行业调研、统计、预测、信息引导、行业领域学术和科研成果推广以及职业资格考核认定等事务性工作逐步交给事业单位或社会组织。
（五）加强综合运输体系的规划协调职责。
（六）加强统筹区域和城乡交通运输协调发展的职责。

二、主要职责
（一）贯彻执行国家、省有关交通运输工作的方针政策和法律法规；组织拟订公路、水路、地方铁路（含轻轨铁路）、港口物流经济行业发展规划；拟订地方性交通运输行业政策和管理实施办法，并监督实施。
（二）负责涉及综合运输体系的规划协调工作。会同有关部门组织编制综合运输体系规划，指导、协调交通运输枢纽规划和管理。
（三）负责交通运输建设市场的监督、管理和调控，维护交通运输建设市场的平等竞争秩序；负责公路、水路、地方铁路（合轻轨铁路）交通建设工程的招投标管理、质量监督、安全监督和造价管理。
（四）负责组织公路及其设施建设和维护；负责地方公路路政管理，维护公路建设和养护的正常运营秩序；组织实施重点交通工程建设；负责组织水运基础设施的建设和维护。
（五）协调或参与交通运输建设资金的筹集；负责公路、桥梁、隧道以及渡口通行费收费站（点）的行业管理；组织协调和参与管理交通运输行业利用外资工作，以及开展交通行业对外合作与交流。
（六）负责全市港口物流经济的服务和管理，会同有关部门开展港口物流经济招商引资工作。
（七）负责道路运输（含城市公共交通运输）、水路运输的行业管理。承担营业性客货运输站场、机动车维修、机动丰驾驶培训、运输从业人员培训等道路运输相关业务的行业管理；负责水路运输、水路运输服务业、外轮理货、船舶代理、引航、港口码头及港航设施建设使用岸线布局的行业管理工作；综合平衡全市运力投放，维护运输行业的平等竞争秩序；引导交通运输业优化结构、协调发展、健康发展；对交通运输协会进行业务指导。
（八）负责全市公路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政等方面的交通运输综合行政执法工作。
（九）负责组织交通运输行业科研成果鉴定和推广应用，指导交通运输行业环境保护和节能减排工作；指导、监督交通运输行业技术标准和规范的实施；指导交通运输信息化建设；指导交通运输管理部门体制改革；指导交通运输行业安全生产和应急管理工作。
（十）负责公路、水路有关交通战备工作；组织实施重点物资和紧急客货运输。
（十一）承办市人民政府和上级业务主管部门交办的其他事项。